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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Detección de mutaciones en los Genes rpoB y katG asociados a resistencia en cepas de Mycobacterium tuberculosis de Bolivia]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[ABSTRACT Objective: To evaluate the sensitivity and specificity of genotyping as a tool for rapid and reliable detection of mutations in rpoÃŸ and katG genes associated with resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from Bolivia. Design: Diagnostic Test Methodology: The strains analyzed were isolated and submitted by different laboratories of the National Network for Diagnosis of Tuberculosis of Bolivia between February and December 2007. The sample for this study consisted of 65 isolates previously characterized by phenotypic methods of culture and sensitivity testing to RIF and INH by the Canetti-Rist proportion method. Genotyping of these samples has been done using the MTBDR Genotype kit, according to amplification and hybridization methods to detect mutations at the rpoÃŸ and katG resistance markers. Results: The sensitivity and specificity of the diagnostic tests were calculated, as well as the positive and negative predictive values. This analysis shows the following results: sensitivity 74%, specificity 92%, positive predictive value 92%, and negative predictive value 73%. Conclusions: The genotyping test using Genotype MTBDR, meeting validation criteria for a diagnostic test study in our country, constitutes a quick, useful and reliable tool for use in diagnosis and routine determination of sensitivity and resistance in MTBC strains.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[ <p align="right"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b><font size="2">ART&Iacute;CULOS ORIGINALES</font></b></font></p>     <p align="center"><b><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">    <br>     <font size="4">Detecci&oacute;n de mutaciones en los Genes rpoB y katG       asociados a resistencia en cepas de Mycobacterium   tuberculosis de Bolivia</font></font></b></p>     <p align="center"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Autor para correspondencia: Aneth V&aacute;squez Michel, anethvasquez@gmail.com,   Germ&aacute;n Melean</b><b><Sup>1</Sup></b><b>, Aneth Vasquez Michel</b><b><Sup>1</Sup></b><b>, Elvin Mollinedo Perez</b><b><Sup>1</Sup></b><b>, Ana Rada Tarifa,  Pablo Almaraz Ossio</b><b><Sup>2</Sup></b><b>, Mirtha Camacho</b><b><Sup>3</Sup></b><b> , Jorge Sainz</b><b><Sup>1</Sup></b></font></p>     <p align="center"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">1. Instituto de Gen&eacute;tica, Facultad de Medicina, Universidad Mayor de San Andr&eacute;s, Av. Saavedra 2246, La Paz, Bolivia;    <br>   2. Laboratorio de Gen&eacute;tica Molecular-Unidad de Gen&eacute;tica M&eacute;dica. Instituto de Gen&eacute;tica, Facultad de Medicina,    <br>   Universidad Mayor de San Andr&eacute;s, Av. Saavedra 2246, La Paz, Bolivia; 3. Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis, Instituto Nacional de Laboratorios de Salud, (INLASA). Rafel Zubieta NÂº1889, Miraflores, La Paz, Bolivia</font></p>     <p align="left"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">Autor para correspondencia: Aneth V&aacute;squez Michel, anethvasquez@gmail.com</font></p>     <p align="left">&nbsp;</p> <hr size="1">     <p align="center"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b><font size="2">RESUMEN</font></b></font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify">  <font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Objetivo: </b>Evaluar la sensibilidad y especificidad de la genotipificaci&oacute;n, como instrumento de diagn&oacute;stico r&aacute;pido y confiable para    la detecci&oacute;n de mutaciones en los genes rpoB y katG asociados a resistencia,en cepas de Mycobacterium tuberculosis de Bolivia.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Dise&ntilde;o:</b> Test Diagn&oacute;stico</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Metodolog&iacute;a: </b>Las cepas analizadas fueron aisladas y enviadas por los diferentes Laboratorios de la Red Nacional de Diagn&oacute;stico    de Tuberculosis de Bolivia entre febrero y diciembre de 2007. La muestra para el presente estudio estuvo constituida por un total    de 65 aislamientos previamente caracterizados por m&eacute;todos fenot&iacute;picos de cultivo y pruebas de sensibilidad a la RIF e INH, por    el m&eacute;todo de las proporciones Canetti-Rist. La genotipificaci&oacute;n ha sido realizada utilizando el kit Genotype MTBDRÂ®, basado en    la utilizaci&oacute;n de m&eacute;todos de amplificaci&oacute;n e hibridizaci&oacute;n, para detectar mutaciones a nivel de los marcadores de resistencia rpoB    y katG.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Resultados:</b> Se procedi&oacute; al c&aacute;lculo de la sensibilidad y especificidad de la prueba de diagn&oacute;stico; adem&aacute;s de los valores predictivos    positivo y negativo. Dicho an&aacute;lisis muestra los siguientes resultados: sensibilidad 74%, especificidad 92%, valor predictivo positivo    92% y valor predictivo negativo 73%.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Conclusiones:</b> La prueba de genotipificaci&oacute;n Genotype MTBDR al cumplir con criterios de validaci&oacute;n para un estudio de test    diagn&oacute;stico en nuestro medio, constituye un m&eacute;todo r&aacute;pido, &uacute;til y confiable para ser utilizado en el diagn&oacute;stico y determinaci&oacute;n    rutinaria de sensibilidad y resistencia en cepas MTBC.</font></p>     <p align="justify">  <font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>PALABRAS CLAVE:</b> Mycobacterium tuberculosis, rpoB, katG, resistencia, rifampicina, isoniacida.</font></p> <hr size="1">     <p align="center"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b><font size="4">Detection of mutations in rpoB and katG genes    <br>   associated to resistance in Mycobacterium tuberculosis    <br>   strains from Bolivia</font></b></font></p>     <p align="center">  <font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b><font size="2">ABSTRACT</font></b></font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"> <b>Objective:</b> To evaluate the sensitivity and specificity of genotyping as a tool for rapid and reliable detection of mutations in rpoB    and katG genes associated with resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from Bolivia.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Design:</b> Diagnostic Test</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Methodology:</b> The strains analyzed were isolated and submitted by different laboratories of the National Network for Diagnosis    of Tuberculosis of Bolivia between February and December 2007. The sample for this study consisted of 65 isolates previously    characterized by phenotypic methods of culture and sensitivity testing to RIF and INH by the Canetti-Rist proportion method.    Genotyping of these samples has been done using the MTBDR Genotype kit, according to amplification and hybridization methods    to detect mutations at the rpoB and katG resistance markers.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Results: </b>The sensitivity and specificity of the diagnostic tests were calculated, as well as the positive and negative predictive    <br>   values. This analysis shows the following results: sensitivity 74%, specificity 92%, positive predictive value 92%, and negative    predictive value 73%.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Conclusions:</b> The genotyping test using Genotype MTBDR, meeting validation criteria for a diagnostic test study in our country, constitutes a quick, useful and reliable tool for use in diagnosis and routine determination of sensitivity and resistance in MTBC   strains.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>KEYWORDS:</b> Mycobacterium tuberculosis, rpoB, katG, resistance, rifampin, isoniazid</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>C&oacute;mo citar este art&iacute;culo:</b> Melean G, Vasquez A, Mollinedo E, Rada A, Almaraz P, Camacho M, Sainz J. Detecci&oacute;n de mutaciones    en los Genes rpoB y katG asociados a resistencia en cepas de Mycobacterium tuberculosis de Bolivia. Cuad Hosp Cl&iacute;n 2009;54:20-26.</font></p> <hr size="1">     <p align="justify"><font size="2"><strong><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">INTRODUCCI&Oacute;N</font></strong></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La Tuberculosis (TBC) es una enfermedad infectocontagiosa    causada por diversas especies del g&eacute;nero    Mycobacterium, todas ellas pertenecientes al Complejo    Mycobacterium tuberculosis. La especie m&aacute;s importante    y representativa es Mycobacterium tuberculosis. La    TBC es posiblemente la enfermedad infecciosa m&aacute;s    prevalente en el mundo, afecta a un tercio de la    poblaci&oacute;n mundial, alrededor de 8 millones de personas    se infectan anualmente y 1,8 millones fallecen.<sup>1</sup></font></font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Seg&uacute;n datos de la gesti&oacute;n 2004, la notificaci&oacute;n de    la incidencia de tuberculosis clasifica a Bolivia entre    los pa&iacute;ses con alta carga de tuberculosis con una    incidencia de 100 o m&aacute;s por 100.000 habitantes,    compartiendo esta situaci&oacute;n con pa&iacute;ses del continente    africano. En la regi&oacute;n de las Am&eacute;ricas, Bolivia continua    siendo un pa&iacute;s de atenci&oacute;n prioritaria para la OPS, por    la carga de tuberculosis que presenta, constituy&eacute;ndose    en el grupo que aporta un 80% a la carga notificada,    compartiendo esta situaci&oacute;n con Hait&iacute;, Rep&uacute;blica    Dominicana, Per&uacute;, Brasil entre otros.<sup>2</sup></font></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La situaci&oacute;n se agrava por el incremento de cepas    de M. tuberculosis multidrogo resistentes (MDR), que    se las define operativamente como resistentes por lo    menos a la rifampicina (RIF) y a la isoniacida (IHN),    f&aacute;rmacos que constituyen el eje de la terapia    antituberculosa de primera linea.<sup>3</sup></font></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La resistencia a la RIF se debe aproximadamente    en un 95% de las cepas, a mutaciones en un fragmento    relativamente peque&ntilde;o (81pb) del gen rpo que codifica    para la subunidad B de la RNA-polimerasa bacteriana,<sup>4-6</sup> por el contrario las mutaciones que causan    resistencia a INH est&aacute;n localizadas en varios genes y    regiones. Se han identificado entre 50-95% de cepas    que contienen mutaciones en el cod&oacute;n 315 del gen    katG,<sup>5-7</sup> entre 20-35% mutantes en la regi&oacute;n reguladora   del gen inhA<sup>7,8</sup> y un restante 10-15% en otros genes.<sup>5,8</sup></font></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La identificaci&oacute;n r&aacute;pida y confiable de la resistencia    a antimicrobianos en M. tuberculosis es un im</font></font><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">portante    reto para asegurar una terapia pronta y adecuada, y    as&iacute; limitar el impacto negativo en Salud Publica por la    diseminaci&oacute;n de cepas multiresistentes. Para ello se    necesitan m&eacute;todos basados en t&eacute;cnicas moleculares para evaluar la presencia de mutaciones gen&oacute;micas    que confieren resistencia. Puesto que, la detecci&oacute;n de    resistencia por m&eacute;todos convencionales (fenot&iacute;picos)    resulta poco pr&aacute;ctica debido al largo tiempo que implica    el crecimiento in vitro de M. tuberculosis,9 adem&aacute;s, la    detecci&oacute;n directa de mutaciones conocidas es m&aacute;s    confiable en cuanto a la predicci&oacute;n de la respuesta    terap&eacute;utica.</font></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Con el fin de permitir la detecci&oacute;n de las mutaciones    m&aacute;s frecuentes que determinan resistencia a la RIF y    tambi&eacute;n a la mayor proporci&oacute;n de mutaciones que    causan resistencia a la INH, en aislamientos de M.    tuberculosis, ha sido desarrollado un ensayo de tiras    comerciales con sondas de ADN (Genotype MTBDRÂ®;    Hain Lifescience, Nehren, Germany). Basado en un    multiplex PCR en combinaci&oacute;n con hibridaci&oacute;n reversa    de los amplicones rpoB y katG, para identificar ya sea    de secuencias de tipo salvaje (sensibles) o mutaciones    espec&iacute;ficas en estos genes (resistentes).<sup>10</sup></font></font></p>     <p align="justify"><font size="2"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  El objetivo de este estudio, fue evaluar la sensibilidad    y especificidad de la Genotipificaci&oacute;n, como instrumento    de diagn&oacute;stico r&aacute;pido y confiable para la detecci&oacute;n de    mutaciones en los genes rpoB y katG asociados a    resistencia a la rifampicina y a la isoniacida, en cepas    de M. tuberculosis nativas de Bolivia.</font></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  <b>MATERIALES Y M&Eacute;TODOS    <br>   Cepas Analizadas</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Las cepas analizadas fueron aisladas entre febrero    a diciembre de 2007 en diferentes Departamentos de    Bolivia y enviadas por los Laboratorios de la Red    Nacional de Diagn&oacute;stico de Tuberculosis al Laboratorio    Nacional de Referencia en Diagn&oacute;stico de la    Tuberculosis del Instituto Nacional de Laboratorios de    Salud (INLASA), la muestra estuvo constituida por 65    aislamientos de M. tuberculosis previamente    caracterizadas por m&eacute;todos fenot&iacute;picos de cultivo y    pruebas de sensibilidad a RIF e INH, por el m&eacute;todo    de proporciones est&aacute;ndar en medio Lowenstein-Jensen    (m&eacute;todo de Canetti-Rist).</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  El panel incluy&oacute; 15 cepas MDR, 24 cepas    monoresistentes y 2 cepas poliresistentes no MDR).    Tambi&eacute;n se incluyeron 24 cepas sensibles (Tabla 1).</font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="center"><img src="/img/revistas/chc/v54n1/a04t1.jpg" width="496" height="458"></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">Esta caracterizaci&oacute;n fenot&iacute;pica se constituye en el  patr&oacute;n de oro (gold standard).</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  <b>Caracterizaci&oacute;n Genot&iacute;pica</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Ensayo   Genotype MTBDR. </b>Este ensayo est&aacute; basado    en la hibridizaci&oacute;n reversa entre amplicones derivados    de un multiplex PCR y sondas unidas a nitrocelulosa    que cubren secuencias superpuestas wild type (WT),    de las regiones rpoB WT1-W5 (Figura 1), que son las    mutaciones m&aacute;s frecuentes para rpo y tambi&eacute;n WT    T1-T2, mutaciones a nivel 315 en el gen katG. La    presencia de mutaci&oacute;n es indicada por la falta de    hibridizaci&oacute;n en las sondas MUT, que se evidencia por    ausencia de marca. Tambi&eacute;n est&aacute; incluido un control    universal (UC) que verifica la presencia de amplicones    de bacterias gram-positivas con alto contenido    gen&oacute;mico de G+C y un control espec&iacute;fico para    aislamientos del complejo M. tuberculosis (TUB).</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Extracci&oacute;n de ADN</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Fueron resuspendidas de 3 a 5 colonias de medio    s&oacute;lido en 300 ul de agua destilada est&eacute;ril, y lisadas    por incubaci&oacute;n a 95Âºc (ba&ntilde;o de agua) por 20 minutos    y posterior sonicaci&oacute;n por 15 min, luego fueron    centrifugados los tubos a 13.000 rpm por 5 minutos y    5Î¼l del sobrenadante fueron usados para la    amplificaci&oacute;n por PCR.    <br>   <b>Amplificaci&oacute;n</b></font> <font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">Las regiones gen&oacute;micas implicadas en la resistencia    fueron amplificadas de acuerdo a recomendaciones    del fabricante.</font></p>     <p align="center"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><img src="/img/revistas/chc/v54n1/a04f1.jpg" width="650" height="181"></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">    <br>   La mezcla para amplificaci&oacute;n estuvo constituida por    35 Î¼l de mezcla del primer-nucle&oacute;tido (PNM), provisto    en el kit, 5 Î¼l de tamp&oacute;n con 2mM de MgCl2, 2U de    Taq DNA polimerasa termoestable y 5 Î¼l de soluci&oacute;n    de DNA cromos&oacute;mico extra&iacute;do, todo en un volumen    final de 50 Î¼l. La amplificaci&oacute;n fue realizada en un    termociclador Amplitron I, con los siguientes par&aacute;metros    de temperatura: 5 min de desnaturalizaci&oacute;n a 95Âºc,    seguido por 10 ciclos de 30s a 95ÂºC y 2 min a 58ÂºC,    seguido por 20 ciclos adicionales de 25s a 95ÂºC, 40s    a 53ÂºC y 40s a 70ÂºC, finalizando con un paso de    extensi&oacute;n final de 8 min a 70ÂºC. La presencia de los    amplicones fue verificada por electroforesis en gel de    agarosa al 1,5 %.</font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>Hibridizaci&oacute;n</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Luego de la amplificaci&oacute;n, se realiz&oacute; un paso de    desnaturalizaci&oacute;n, posteriormente los amplicones de    hebra simple marcados con biotina fueron hibridados    a membranas unidas a sondas por 30min a 45Â°C en    agitador semiautom&aacute;tico. Las tiras fueron    posteriormente lavadas por 15 min a 45Â°C de acuerdo    a instrucciones del fabricante, las se&ntilde;ales de    hibridizaci&oacute;n se detectaron por adici&oacute;n de un conjugado    de estreptavidina-fosfatasa alcalina, seguida de una    reacci&oacute;n de substrato de fosfatasa alcalina.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  <b>RESULTADOS</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La presencia de secuencias de ADN salvaje (wild    type) sensibles o mutadas (resistentes) en la regi&oacute;n    de 81-pb de rpoB (Figura 1) y en el codon 315 de katG,    es evidenciada por se&ntilde;ales claras de hibridizaci&oacute;n en    las tiras, que pueden ser analizadas usando los    templetes adjuntos al kit. Adem&aacute;s la PCR m&uacute;ltiple y    las tiras incluyen un control de amplificaci&oacute;n espec&iacute;fico    para aislamientos del complejo M. tuberculosis y un    control de amplificaci&oacute;n de otra especie bacteriana.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  A pesar de que las 41 cepas resistentes amplificaron    con &eacute;xito, ocho aislamientos, no se tomaron en cuenta,    debido a la falta de se&ntilde;ales de hibridizaci&oacute;n positivas    con las sondas espec&iacute;ficas de control, por lo tanto se    tomaron en cuenta para el an&aacute;lisis estad&iacute;stico    solamente 33 cepas resistentes, situaci&oacute;n similar ocurri&oacute;    con las cepas sensibles en las que se descartaron 2    por la misma raz&oacute;n. Los resultados son mostrados en    la Tabla 2.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Se obtuvieron los siguientes valores de    concordancia entre ambos m&eacute;todos: resistencia a    Rifampicina 64%, a Isoniacida 60% y MDR 87%,    cepas sensibles 100%. </font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">En cuanto a la resistencia a la RIF, tanto en las    cepas monoresistentes a RIF como MDR, se    obtuvieron mutaciones en 19 de las 33 (58 %)    resistentes con 3 patrones de hibridizaci&oacute;n para el gen    rpoB, el cod&oacute;n m&aacute;s afectado fue el S531L (53%),    seguido de los codones H526Y (23%), D516V (18%)    y H526D (6%), en dos cepas mutantes no se pudo    determinar el cod&oacute;n. Ninguna de las cepas reportadas  como sensibles present&oacute; mutaciones a este nivel.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Del mismo modo tomando en cuenta tanto cepas    monoresistentes a INH y MDR, se detectaron    mutaciones en el cod&oacute;n 315, en 22 cepas (67%), pero    en ninguna de las cepas sensibles se detectaron    mutaciones. En la mayor&iacute;a de las cepas se pudo    verificar distintas mutaciones: 13 (S315T1), 8 (S315T2)    y 1 inespec&iacute;fica que solo present&oacute; la ausencia de la    se&ntilde;al de hibridizaci&oacute;n wild type, por otro lado, en    discrepancia con el fenotipo, 5 cepas caracterizadas    previamente como resistentes, presentaron un patr&oacute;n    de hibridizaci&oacute;n sensible (wild type).</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>An&aacute;lisis de test diagn&oacute;stico</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Se procedi&oacute; al c&aacute;lculo de la sensibilidad y    especificidad en base al paquete inform&aacute;tico Epi-Info  versi&oacute;n 6.0 tomando en cuenta los siguientes datos:</font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">Intervalo de confianza estimado 95%, por tanto se    acepta un error tipo 1 del 5%; Potencia estimada de    la prueba del 80%; adem&aacute;s de los valores predictivos    positivos y negativos. Se tom&oacute; como patr&oacute;n de oro    (gold standard) la caracterizaci&oacute;n fenot&iacute;pica.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"> Dicho an&aacute;lisis mostr&oacute; los siguientes resultados. 23    muestras fueron positivas por ambas pruebas, 2 fueron    falsos positivos, 8 falsos negativos, 22 muestras fueron    negativas, estas &uacute;ltimas corresponden a las cepas    sensibles. Por lo tanto la sensibilidad del m&eacute;todo es    de 74%, la especificidad 92%, valor predictivo positivo    92% y valor predictivo negativo 73%. Lo que demuestra    que el m&eacute;todo de genotipificaci&oacute;n es bastante sensible    y altamente espec&iacute;fico (Tabla 3).</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  <b>DISCUSI&Oacute;N</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Si buscamos controlar la diseminaci&oacute;n de las cepas    de M. tuberculosis multidrogo resistentes (MDR) y    adem&aacute;s mejorar la terapia antituberculosa en pacientes    infectados por estas cepas, est&aacute; por dem&aacute;s claro que    se debe reducir el tiempo que toma la identificaci&oacute;n    de estas cepas, ya que el cultivo, la identificaci&oacute;n y    las pruebas de sensibilidad tradicionales demoran   mucho. La mejor manera de lograrlo es introduciendo    m&eacute;todos moleculares modernos que puedan ser aplicados en cepas o directamente en muestras cl&iacute;nicas.</font></p>     <p align="center"><img src="/img/revistas/chc/v54n1/a04t2.jpg" width="650" height="222"></p>     <p align="center"><img src="/img/revistas/chc/v54n1/a04t3.jpg" width="489" height="270"></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"> Los resultados del presente estudio indican que los    m&eacute;todos de genotipificaci&oacute;n utilizando el kit Genotype    MTBDR tienen en general un buen rendimiento    (amplificaci&oacute;n exitosa en todas las cepas), as&iacute; como    valores de sensibilidad y especificidad bastante    elevados tanto para el diagn&oacute;stico como para la    determinaci&oacute;n r&aacute;pida de resistencia y sensibilidad a  f&aacute;rmacos antituberculosos.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  La sensibilidad del test hallada en el presente    estudio es del 74%, m&aacute;s baja en comparaci&oacute;n a otros    estudios con el mismo m&eacute;todo, sin embargo esto se    debe probablemente a la diferencia en el tama&ntilde;o    muestral entre este y los otros estudios en los que    supera el 90%, en lo referente a la especificidad (92%),    el valor en otros estudios es similar.<sup>10-13</sup> </font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Tambi&eacute;n es importante, conocer el tipo y la frecuencia    de las regiones mutadas, debido a que muchas    publicaciones subrayan la relevancia de este tipo de    an&aacute;lisis molecular, ya que mutaciones espec&iacute;ficas en    rpoB podr&iacute;an estar relacionadas con resistencia de alto    o bajo nivel a la RIF. En el presente estudio las mutaciones    m&aacute;s frecuentes se encontraron en las osiciones S531L    (53%) y H526Y (23%), resultados que coinciden con    otros estudios,<sup>4,14,15</sup> que adem&aacute;s se relacionan con la    expresi&oacute;n cl&iacute;nica de niveles altos de resistencia a la RIF,    lo cual tiene connotaciones epidemiol&oacute;gicas que nos    estar&iacute;an indicando que, la mayor parte de cepas    circulantes en nuestro pa&iacute;s al igual que en otros pa&iacute;ses    tienen alto nivel de resistencia a la RIF, informaci&oacute;n que    desde luego no es detectable utilizando pruebas de    sensibilidad convencionales en medio Lowenstein-Jensen    con una concentraci&oacute;n fija de RIF de 40ug/ml.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Por otro lado, como se puede evidenciar en los    resultados de concordancia enfocados a la detecci&oacute;n    de resistencia a la isoniacida, y tomando en cuenta    que el kit, determina solamente la resistencia mediada    por el gen katG se conoce que se da en un 50-95% involucrados, 20-35% que contienen mutaciones en    inhA,<sup>8</sup> y un 10-15% tienen mutaciones en la regi&oacute;n    interg&eacute;nica del gen ahpC-oxyR y otros genes menos    frecuentes que est&aacute;n en estudio como ndh, kasA.<sup>18</sup>    Este hecho posiblemente explicar&iacute;a que, 5 cepas    monoresistentes a la Isoniacida por el m&eacute;todo    convencional resultaron ser sensibles por nuestro    m&eacute;todo, lo que nos llevar&iacute;a a inferir que efectivamente    estas cepas son resistentes, pero esta resistencia no    estar&iacute;a determinada por mutaciones en katG, sino    probablemente por otros genes.</font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En relaci&oacute;n a la distribuci&oacute;n de mutaciones    asociadas con la resistencia a INH y a RIF se identific&oacute;,    un aparente desequilibrio en cuanto a concordancia    de resultados, entre las cepas monoresistentes y    aquellas MDR, el test que utilizamos parece ser mucho  m&aacute;s eficaz detectando cepas MDR que detectando    cepas monoresistentes, como podemos comprobar    en la Tabla 2, el porcentaje de concordancia de    detecci&oacute;n de este tipo de cepas es mucho m&aacute;s alto    (87%) en MDR que en cepas monoresistentes que    oscila entre 60-64%. No obstante, nuevamente es    importante mencionar que, el n&uacute;mero de muestras    utilizado en el presente estudio es muy peque&ntilde;o para    un an&aacute;lisis estad&iacute;stico definitivo en este sentido, sin    embargo esta tendencia, es ratificada en otros estudios,    que sugieren que la frecuencia en encontrar cepas    monoresistentes por este test es un tanto m&aacute;s baja.<sup>10,17</sup></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En cuanto a las 8 cepas que fueron excluidas del    an&aacute;lisis estad&iacute;stico, por no presentar se&ntilde;ales de    hibridizaci&oacute;n que denotaran mutaciones, pero fueron    resistentes al menos a un antituberculoso por el m&eacute;todo    de referencia fenot&iacute;pico, la explicaci&oacute;n hipot&eacute;tica m&aacute;s    cercana a la que podemos referirnos es el fen&oacute;meno    de la &quot;heteroresistencia&quot; que representa una mezcla    de subpoblaciones bacterianas wild type (sensibles)    y resistentes en el cultivo inicial, constituy&eacute;ndose este   fen&oacute;meno en un importante obst&aacute;culo tanto para la    terapia como para los m&eacute;todos moleculares de    detecci&oacute;n de resistencia, ya que el l&iacute;mite de detecci&oacute;n    de la prueba es de 10% de ADN mutante en el total    de la poblaci&oacute;n bacteriana y s&iacute; la proporci&oacute;n de bacterias    resistentes de un aislamiento es menor a este    porcentaje, ser&iacute;a muy dif&iacute;cilmente detectado por este    m&eacute;todo molecular.<sup>4</sup></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En el caso de las cepas que presentan solo ausencia    de se&ntilde;al de hibridizaci&oacute;n en la sonda wild type indicativo    de sensibilidad, que sin embargo, no se encuentra la    mutaci&oacute;n espec&iacute;fica, como se evidencia en 3 casos    en este estudio (2 en RIF y 1 en INH), seg&uacute;n bibliograf&iacute;a,<sup>10,13</sup> se las considera resistentes debido a    que probablemente la regi&oacute;n del cod&oacute;n afectada por    la mutaci&oacute;n se encuentra fuera de las sondas    espec&iacute;ficas del kit, por lo tanto no podemos concluir    que esta cepa es sensible, sino m&aacute;s bien por    argumentos moleculares se las considera resistentes.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En aquellas cepas fenot&iacute;picamente resistentes cuyo    resultado fue sensible por genotipificaci&oacute;n se podr&iacute;an    plantear otras alternativas como ser: heteroresistencia,    mecanismos de resistencia adicionales y mutaciones    poco frecuentes que se encuentren fuera de las    regiones investigadas.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En general, en comparaci&oacute;n con los m&eacute;todos    convencionales fenot&iacute;picos de cultivo que actualmente    se realizan, la interpretaci&oacute;n y el an&aacute;lisis de los    resultados de la prueba de Biolog&iacute;a Molecular nos    muestra una serie de ventajas, entre las que podemos    mencionar:</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  - Acortamiento del tiempo, ya que utilizando los    m&eacute;todos convencionales por norma de la OPSOMS9    no se debe estudiar la sensibilidad de una    cepa que tenga menos de 30 d&iacute;as de cultivo, debido    a que las bacterias resistentes a la isoniacida son    generalmente m&aacute;s lentos en multiplicarse y se corre    el riesgo de que las colonias de estos a&uacute;n no se   encuentren formadas. El no incluir estas colonias    en el estudio llevar&iacute;a a clasificar como sensible una    cepa que no lo es.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  - El hecho de efectuar pruebas de sensibilidad en    cultivos almacenados m&aacute;s de dos meses por    m&eacute;todos convencionales, que podr&iacute;a condicionar    falsos negativos no se da con los m&eacute;todos de    genotipificaci&oacute;n, debido a que existen estudios que    demuestran que en el rendimiento de las pruebas    de genotipificaci&oacute;n no influye el tiempo de    almacenamiento de las cepas, pudiendo utilizar a&uacute;n    cepas congeladas m&aacute;s de 6 a&ntilde;os, lo que permitir&iacute;a    realizar incluso estudios retrospectivos.<sup>13</sup>    </font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">- El corto tiempo que toma la realizaci&oacute;n de este    m&eacute;todo, permite la optimizaci&oacute;n de la terapia    oportuna, ya que se dispone del diagn&oacute;stico de    sensibilidad mucho antes de que los resultados confirmatorios del cultivo est&eacute;n disponibles.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  - El ensayo gen&eacute;tico no requiere de organismos    viables y por lo tanto se reduce el riesgo biol&oacute;gico    en el laboratorio.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"> - El ensayo permite una detecci&oacute;n r&aacute;pida y espec&iacute;fica    de las mutaciones m&aacute;s frecuentes que condicionan    la resistencia a la INH y a la RIF, del mismo modo    permite tambi&eacute;n una f&aacute;cil interpretaci&oacute;n de los    resultados, sin requerir de la experticia y alta    tecnolog&iacute;a que se requiere para la interpretaci&oacute;n    de datos de secuenciaci&oacute;n y PCR en tiempo real    (otras t&eacute;cnicas moleculares que se est&aacute;n aplicando    en otros pa&iacute;ses para estudios de diagn&oacute;stico y    resistencia en M. tuberculosis)</font></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Finalmente, coincidimos con las conclusiones de    otros autores que sugieren que la principal limitaci&oacute;n    de este m&eacute;todo es la baja sensibilidad de detecci&oacute;n    de resistencia a la isoniacida,<sup>11,19</sup> debido a que como    se ha se&ntilde;alado varias veces en el presente manuscrito,    el test est&aacute; dirigido a la detecci&oacute;n de resistencia a la    INH, solo en mutaciones en el gen katG S315T.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  En conclusi&oacute;n, la prueba de genotipificaci&oacute;n Genotype    MTBDR al cumplir con criterios de validaci&oacute;n para un    estudio de test diagn&oacute;stico en nuestro medio (Tabla 3),    se constituye como un m&eacute;todo r&aacute;pido, &uacute;til y confiable    para ser utilizado en el diagn&oacute;stico y determinaci&oacute;n    rutinaria de sensibilidad y resistencia en cepas MTBC,    de la misma manera puede ser aplicado en circunstancias    donde se requieran resultados de sensibilidad r&aacute;pidos,    ya sea para utilizarse en casos de pacientes altamente    infectados en los que se sospecha sean portadores de    cepas MDR, pacientes en re-tratamiento y para casos    de contacto con posibles cepas resistentes.</font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  <b>AGRADECIMIENTOS</b></font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  Agradecemos al Dr. Milton Magne por las pruebas    fenot&iacute;picas de las cepas de M. tuberculosis mediante    el m&eacute;todo Canetti-Rist con sus respectivos resultados,    realizadas en el Laboratorio Nacional de Referencia    de Tuberculosis del INLASA. Un agradecimiento    especial a la Dra. Pilar Navia por el apoyo    epidemiol&oacute;gico y estad&iacute;stico al presente trabajo. </font></p>     <p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><b>REFERENCIAS</b></font></p>     <!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  1. Thomas MD. Tuberculosis. En: Fauci A, Braunwald E,    Kasper D, Hauser E,Longo D, Jameson L, Loscano J.    Harrison: Principios de Medicina Interna. Mexico D.F:    Editorial McGraw-Hill; 1989. p. 769-779.</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180015&pid=S1652-6776200900010000400001&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  2. Programa Nacional de Tuberculosis (PNT). Tuberculosis,    La Paz, Bolivia; 2008</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180016&pid=S1652-6776200900010000400002&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  3. Espinal MA. The global situation of MDR-TB. Tuberculosis    2003, (Edinburgh) 83:44-51.</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180017&pid=S1652-6776200900010000400003&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  4. Heep M, Brandstatter U, Rieger N, Lehn E, Richter S,    Rusch-Gerdes. Frequency of rpo mutations inside and    outside the cluster I region in rifampin - resistant clinical    Mycobacterium tuberculosis isolates. J. Clin. Microbiol.    2001; 39: 107-110.</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180018&pid=S1652-6776200900010000400004&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  5. Ramaswamy S, and Musser J. Molecular Genetic basis of    antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis    isolated in Italy. J.Clin.Microbiol. 1998; 37: 1197-1199.</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180019&pid=S1652-6776200900010000400005&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  6. Talenti A, Honore N, Bernasconi C, March J, Ortega A,    Heym B, Takiff HE, Cole ST. Genotyping assessment of    isoniacid and rifampin resistance in Mycobacterium    tuberculosis: a blind study at reference laboratory level. 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Musser J, Kapur D, Williams B, Kreiswirth D, Van Soolingen    D, van Embden J. Characterization of the catalaseperoxidase    gene (katG) and inhA locus in isoniazid-resistant    and susceptible strains of Mycobacterium tuberculosis by    automated DNA sequencing: restricted array of mutations    associated with drug resistance. J Infect Dis 1996;173:196-202.</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180022&pid=S1652-6776200900010000400008&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  9. World Health Organization. Global tuberculosis control:    surveillance, planning, financing. WHO Report 2007.    WHO/HTM/TB/2007,411.Geneva, Switzerland:WHO, 2007. </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=1180023&pid=S1652-6776200900010000400009&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p align="justify"><font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif">  10. Hillemann D, Weizenegger M, Kubica T, Richter E, Niemann    S. Use of genotype MTBDR assay for rapid detection of    rifampin and isoniazid resistance in Mycobacterium    tuberculosis complex isolates. 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