Abstract

BALLON PAUCARA, Wendy Guadalupe  and  GRADOS TORREZ, Ricardo Enrique. Acomplamiento molecular: : criterios prácticos para la selección de ligandos biológicamente activos e identificación de nuevos blancos terapéuticos. Rev.Cs.Farm. y Bioq [online]. 2019, vol.7, n.2, pp.55-72. ISSN 2310-0265.

Resumen El acoplamiento molecular es un método bioinformático que permite predecir y calcular computacionalmente la posición más favorable de interacción entre un ligando y un blanco (usualmente proteico) a partir de sus representaciones tridimensionales. Esta herramienta bioinformática no tiene una regla que se adapte a todos los casos y la mayoría de los programas empleados con esta finalidad, tienen diferentes métodos para tratar cada caso en particular. Además, cada blanco proteico es estructuralmente diferente y la capacidad de replicar los resultados experimentales y fisiológicos depende en gran medida del sistema utilizado y del criterio del usuario. Así, este artículo proporcionará pautas y detallará varios aspectos prácticos como el estado de protonación de los átomos, la identificación de moléculas de agua importantes en el sitio activo, la diferenciación entre moléculas activas y señuelos como mecanismo de control, la determinación de la energía libre de unión (∆G) y el análisis de la flexibilidad y la dinámica molecular; aspectos que deberían ser tomados en cuenta antes de iniciar un estudio de acoplamiento molecular para la búsqueda y selección virtual de ligandos e identificación de blancos terapéuticos.

Keywords : Acoplamiento Molecular; Búsqueda Virtual de Ligandos; Blanco Proteico.

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